電子散熱器雖然沒有擔心酸腐蝕，但由于容易發生堿腐蝕和氯化物離子的腐蝕，所以在1個熱供給系統的水質為堿性的情況下(pH超過7的情況)，或者在氯化物離子的含量比較高(鹽含量大)的情況下，在散熱器中有腐蝕漏水的危險。

一些電子散熱器制造商積極地宣傳散熱器產品的“無縫、腔室清潔”等，但實際上對于散熱器的腐蝕是不可用的。由于鋼散熱器的腐蝕是由鋼散熱器的腐蝕原理的氧腐蝕所決定的，所以不會出現在焊縫上，因此“沒有焊縫，內腔不光滑，不會腐蝕”。

電子散熱器內防腐常用涂料有兩種:一種是無機涂料，以鋅基鉻鹽類為代表，是北京森德的"森德無限"防腐散熱器;其他種類的涂料是有機涂料，涂料式現在在市場。大部分國內品牌的散熱器都選擇了兩種有機材料，大部分制造商為了節約成本，省略了一些處理，只做一次內涂處理，由于涂層的厚度通常不超過30，所以通常在市場上施加的散熱器較多。